Bei der Geburt durch den Geburtskanal beginnen Mikroben aus der Vaginal- und Enddarmflora (vorwiegend Lactobacillen aus der Vagina und Escherichia coli aus dem Kot der Mutter) das Kind zu besiedeln. Hinzu kommen dann Hautbakterien (vorwiegend Staphylococcus) durch Berührungen.
Circa drei Jahre entwickelt sich das Mikrobiom von dem eines Kindes zu dem eines Erwachsenen. In der Zeit ist die Magensäure noch nicht zu ätzend, wodurch die Aufnahme von lebenden Mikroben erleichtert wird.
Zur Unterstützung der Besiedlung der guten Mikroben im Darm des Kindes liefert die Muttermilch gesunde Kohlenhydrate. Diese nutzen die guten Mikroben als Nahrung, wodurch das Wachstum dieser Bakterien gefördert wird. Dazu ist die Muttermilch entzündungshemmend und stimuliert das Wachstum des Kindes.
Das Entfernen oder Reduzieren der Vielfalt an Mikroben oder die Störung der Kommunikation zwischen Wirtsorganismus und Bakterien lässt das Erkrankungsrisiko vieler komplexer, chronisch entzündlicher Krankheiten ansteigen.